Na japonské Grand Prix v Suzuce měl Prost svůj třetí titul téměř v kapse. Na scéně byla cítit přítomnost velkého tlaku. Prost krátce před závodem popíchl Sennu klasickým úšklebkem o tom, že je rozmazlený spratek. Ayrton Senna musel jednoznačně v závodě zvítězit, pokud chtěl získat šanci na to, aby ukradl svému stájovému kolegovi titul. Jak se ukázalo, byl ve vynikající formě. V kvalifikaci zajel o sekundu a půl rychleji než byl Prostův druhý čas. A navzdory mizernému startu a zpackané zastávce v pit stopech, se ještě notnou část před koncem závodu dokázal probojovat polem a dostat ze zpátky za Prosta. Cítil, že mu osud jde vstříc a jeho genialita pracovala naplno. Jasně před sebou viděl blyštící se titul. Pak se ale všechno náhle pokazilo. Senna, který se chystal psát dějiny, provedl výpad s cílem předjet Prosta v zatáčce, ten se posunul, aby tak uchránil svou pozici a Senna, naprosto věřící ve svou výhodu, to odmítl vzdát. Auta přišla do kontaktu a oba řidiči vyjeli z trati. Prost, který si myslel, že je po všem, vylezl ze svého vozu a nedbale se coural zpátky ke garážím. Senna to ovšem viděl jinak. S vášnivost jemu vlastní se vrátil zpátky na trať, dojel do pit-stopu, nechal si vyměnit čumák vozu, vrhl se zpátky do závodu a vyhrál ho. Druhý skončil absolutně ohromený Alessandro Nannini jedoucí v Benettonu.
Senna byl ale poté diskvalifikován za neprojetí zatáčky v kole nehody a vítězství v závodě bylo připsáno Nanninimu. Senna si stěžoval u FIA. Ta znovu potvrdila diskvalifikaci a za jeho vinu na nehodě a chování během celé sezóny mu na šest měsíců pozastavila licenci a udělila pokutu v hodnotě 100 000 amerických dolarů. Prostovi tak zůstal jeho třetí titul a ještě více se upevnila jeho nenávist vůči Sennovi, o němž tehdy řekl: „Je to muž, který žije a přemýšlí pouze a jenom o závodění. Vzdal se všeho ostatního, veškerých lidských vztahů. Cítí se jako pod samotnou boží ochranou a je schopný vzít na sebe jakkoliv velké riziko, protože si myslí, že je nesmrtelný.“
